（1）投资管理方式不同
ETF绝大部分是指数投资，采用复制指数成份股的被动式投资策略，投资者通过投资ETF可追踪相关指数的整体市场表现。指数ETF管理人的核心目标是降低跟踪误差，管理人主观判断对ETF市场表现影响较小。ETF的仓位由基金合同严格规定，一般股票ETF仓位在95%以上。
不在交易所上市的公募基金（即场外基金）以主动管理基金为主，它的本质是代客理财，基金经理通过研究进行主动判断而做出投资决策。投资者通过主动管理公募基金获得的收益率取决于基金经理的投资能力。主动管理公募基金的仓位变动空间相对较大，基金经理可以根据对市场的判断进行择时和调仓。
（2）交易模式不同
ETF既可以申购赎回又可以交易，投资者可以在交易日内便捷地进行ETF买卖，也可以在一级市场通过一篮子股票进行申购赎回，资金效率相对更高。ETF二级市场交易机制与股票相似，投资者可以在股市开市时间按照实时价格进行交易，部分品种（如债券ETF、跨境ETF、货币ETF、商品ETF等）实行“T+0”日内交易。此外，交易时间内，交易所实时计算ETF一篮子股票的实时价格，每15秒公布基金份额参考净值（IOPV），为投资者交易ETF提供参考。
场外基金暂不支持二级市场交易，投资者仅能够通过销售机构进行基金份额的申购赎回，效率较ETF相对偏低。场外基金申购赎回采取“未知价”原则，即申购赎回价格以申请当日收市后计算的基金份额净值为基准进行计算。
（3）持仓透明度不同
ETF持仓透明，每日披露申购赎回清单（PCF清单），列示ETF申购赎回时所应交付的一篮子股票清单，投资者可以及时了解ETF具体持仓情况。
主动管理公募基金一般在季报、半年报和年报才会披露具体持仓，其中季度披露前十大重仓股，年报和半年报披露全部持仓。信息披露频率相对较低，投资者无法在每个交易日获得自己所购买的基金具体持仓。
（4）费用不同
在基金管理费方面，由于ETF本质上是指数投资，ETF投资策略相对简单，因此基金管理费率相对较低，市场中大多数ETF基金的管理费率在0.15%—0.5%之间。主动管理公募基金由于需要更多的成本覆盖开支，管理费率一般高于ETF基金，市场中大多数主动管理公募基金的管理费率在1.2%左右，部分高达1.5%。
在基金资产交易成本方面，由于ETF资产组合相对稳定，证券买卖较少，与场外主动管理基金相比调仓频率更低，所以ETF的交易成本也比主动管理的公募基金低。（深交所基金管理部）
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